2週続けてのメダカ発信は初めてです。岡崎でのユーザーミーティングがあらゆる立場の方にとって有意義な集まりになることを願っています。当方も貴重な時間をいただいて活動紹介いたします。 なお、メダカのT2Tゲノム配列は東大の鈴木慶彦先生をはじめとする森下真一先生のグループのご尽力により読み取られ、またご厚意により論文出版前に公開されたものです。当該ゲノム情報を利用した成果の発表の際には、（MedakaBaseを介したものであってもMedakaBaseへのクレジットだけでなく）上記オリジナルなゲノム情報への、然るべき形でのクレジットをよろしくお願いいたします。 --- Medaka Omics News by NBRP - 2026年2月27日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ MedakaBaseへ、メダカHd-rR, HSOK, HNI系統の最新ゲノムアセンブリ(v3.1)を 追加しました。当チームで推定した遺伝子モデルをそれぞれ掲載し、 うちHd-rRについては、それに加えてNCBIの標準アノテーションパイプライン...

Medaka Omics News by NBRP - 2026年2月20日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動など、メダカのオミクス関連情報を お伝えしていますが、今号では、NCBIの有用情報を紹介します。 ▲ 森下真一先生（東大）のグループにより生成された改善版ゲノムアセンブリ （Hd-rR, HSOK, HNI）が昨秋にNCBIにおいて公開されました。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_053564925.1/ このうちHd-rRのアセンブリ（GCF_053564925.1, Olatipes_Hd-rR_3.1）は ギャップ（未決定塩基）を含まないいわゆるT2T（telomere-to-telomere） アセンブリです。NCBI上では、1番染色体がX染色体となっており、Y染色体に ついてはXと異なる領域に限り、unlocalized chromosomal sequences として含まれています。 ▲ 上記Hd-rRのT2Tアセンブリには、NCBIの標準アノテーショ

Medaka Omics News by NBRP - 2025年10月23日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ ウェブサーバMedakaBase等、当方の活動産物を紹介した記事が DNA Research誌にオンライン掲載されました。 https://doi.org/10.1093/dnares/dsaf030 近縁2種のゲノム情報とUTR情報を追加した遺伝子モデルの増強版(ver.4)を 新規に報告しています。成果発表の際にMedakaBase等の情報源の裏付けが 必要な場合など引用いただけます。 （プレプリントの時点から論文タイトルが若干変更されました） ▲ MedakaBase内のゲノムブラウザで、公開済み データに基づくCTCFの ChIP-seqトラックを表示することが可能となりました。 https://medakabase.nbrp.jp/viewer/Hd-rR/   (ページ左のメニュー下部の'04 ChIP-seq'から選択) 再現性のあるデータとして論文等で参照いただきやすいよう、すでに...

Medaka Omics News by NBRP - 2025年5月19日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ 長く使われてきたNBRPメダカのウェブサイト（ https://shigen.nig.ac.jp/medaka/...

当研究室が分担機関として 関わっているメダカのNBRP についての最新情報です。 Medaka Omics News by NBRP - 2024年11月11日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲...

当研究室が分担機関として関わっているメダカのNBRPについての最新情報です。 Medaka Omics News by NBRP - 2023年12月4日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ ウェブサーバMedakaBaseのマニュアルを作成しまし...

当研究室では、種が変わっても活かせるゲノム情報解析と公開のノウハウを生かして、さまざまな生物の研究に参加しています。メダカNBRPへの情報公開についての活動もそのひとつです。小型魚類研究MLから発信したニュースのバックナンバーを辿ることができるよう、ここに記録しておきます。...

シングルセル遺伝子発現解析のための簡便なシステムが登場してすでにもう久しく、かなり普及したといってよいのではないでしょうか。しかし、簡便になった分、システムの「クセ」に気を留めずに始める方も少なくないような気がします。ラフですが、「クセ」とその対応の仕方について下に簡単に記...

タイトルはちょっとふざけただけで、まじめな内容です。明日、 NBRP のメダカのプロジェクトの中でゲノム情報の提供を担当している当研究室の今年度の活動を報告するオンラインセミナーを行います。小型魚類研究者の間では、すでに連絡が回っていると思います。 下記、...

研究室で進める脊椎動物の生命情報解析およびデータ提供のための情報基盤整備を担う人材を募集しています。自身の研究プロジェクトを進めていただくことも可能です。 詳細は下記のリンク先をご覧ください。 特任研究員 　あるいは　 技術補佐員 （遺伝研公式ホームページの求人案内）...

当研究室で、 ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP） として、メダカのゲノム情報の整備とユーザーへの利用を促進しています。分担として加わって1年目の成果となります既存情報を集積したウェブサーバの公開にあわせ、来週幕張で行われます 第45回日本分子生物学会年会...