Medaka Omics News 4

Medaka Omics News by NBRP - 2025年5月19日

メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。

▲ 長く使われてきたNBRPメダカのウェブサイト（https://shigen.nig.ac.jp/medaka/）内BLAST検索が休止しておりましたが、MedakaBaseにおいて同じ配列群を対象に検索できるようになりました。https://medakabase.nbrp.jp/tools/blast/

▲ ウェブサーバMedakaBase等、当方の活動を紹介する記事をプレプリントとして公表しました。成果発表の際にMedakaBase等の情報源の裏付けとして引用いただけます。https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.13.653297v1

この記事には以下の内容を記載しております。

・メダカゲノム研究の歴史を整理　

・メダカ類・近縁種の関係を踏まえ、ゲノム情報の有無を総覧　

・それらの完成度を評価

・MedakaBaseの機能を解説　

・UTR補強版遺伝子モデルを紹介　

・近縁2種の新規ゲノム情報を紹介

▲ 5月30日に奈良先端大で開催される「関西おさかな勉強会」にNBRPメダカにおいて情報部門を指揮する工樂が参加します。MedakaBase等ゲノムリソース・ツールについてご相談いただくことが可能です。ご参加予定の方はこの機会をご利用ください。

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NBRPメダカ生命情報チーム（国立遺伝研分子生命史研究室）