Medaka Omics News 6
- Shigehiro Kuraku
- 13 分前
- 読了時間: 2分
Medaka Omics News by NBRP - 2026年2月20日
メダカNBRP 生命情報チームによる活動など、メダカのオミクス関連情報を
お伝えしていますが、今号では、NCBIの有用情報を紹介します。
▲ 森下真一先生（東大）のグループにより生成された改善版ゲノムアセンブリ
（Hd-rR, HSOK, HNI）が昨秋にNCBIにおいて公開されました。
このうちHd-rRのアセンブリ（GCF_053564925.1, Olatipes_Hd-rR_3.1）は
ギャップ（未決定塩基）を含まないいわゆるT2T（telomere-to-telomere）
アセンブリです。NCBI上では、1番染色体がX染色体となっており、Y染色体に
ついてはXと異なる領域に限り、unlocalized chromosomal sequences
として含まれています。
▲ 上記Hd-rRのT2Tアセンブリには、NCBIの標準アノテーションパイプライン
EGAPによる遺伝子モデルが先月付与され、
下記など各種機能が利用可能です。
・Genome Data Viewer (GDV): ブラウザ上でのアノテーション閲覧
・Comparative Genome Viewer (CGV): アセンブリ間比較の視覚化
▲ 上記の展開を受けて、ウェブサーバMedakaBaseにおいてJBrowse上で
独自に提供してきたデータをT2Tアセンブリ上で閲覧できるよう、
RNA-seqやChIP-seqデータの移行を進めています。
準備でき次第、改めてこのNewsでご連絡します。
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NBRPメダカ 生命情報チーム（国立遺伝研 分子生命史研究室）
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Medaka Omics Reference https://github.com/Squalomix/medaka-annex
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