Medaka Omics News 3

当研究室が分担機関として関わっているメダカのNBRPについての最新情報です。

Medaka Omics News by NBRP - 2024年11月11日

メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。

▲ 100を超える野生メダカ由来系統の多型情報をMedakaBase上のJBrowseにおいて

閲覧できるようにしました。下記ページの左のメニューの「02 Variants」の中を選択する

ことにより変異の重篤度に応じた表示が可能です。

▲ MedakaBaseを設置している国立遺伝学研究所の法定停電およびそれに付随した

メンテナンスのため、12月13～16日にMedakaBaseを停止いたします。

利用の際にはご注意ください。

▲ Oryzias latipes Hd-rRについて、10X Chromiumシステムによるシングルセル遺伝子

発現解析などを想定した遺伝子モデルの改善版 v3をリリースしました。

v2の形式を整えたGFF版であり、収録内容はv2と同じです。

▲ Oryzias luzonensisのゲノムアセンブリを構築し、遺伝子をゲノムワイドに推定しました。

得られた配列のBLAST検索が可能です。https://medakabase.nbrp.jp/tools/blast/

基になるHiFiリードの取得は基礎生物学研究所トランスオミクス解析室（重信研）の

協力により実現しました。

▲ ウェブサーバMedakaBaseのマニュアルの英語版を作成しました。下記でご覧いただけます。

MedakaBaseのトップページからリンクしています。

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NBRPメダカ生命情報チーム（国立遺伝研分子生命史研究室）

Omics Newsバックナンバー https://bit.ly/415aYsi

国立遺伝学研究所