Medaka Omics News by NBRP - 2025年10月23日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ ウェブサーバMedakaBase等、当方の活動産物を紹介した記事が DNA Research誌にオンライン掲載されました。 https://doi.org/10.1093/dnares/dsaf030 近縁2種のゲノム情報とUTR情報を追加した遺伝子モデルの増強版(ver.4)を 新規に報告しています。成果発表の際にMedakaBase等の情報源の裏付けが 必要な場合など引用いただけます。 （プレプリントの時点から論文タイトルが若干変更されました） ▲ MedakaBase内のゲノムブラウザで、公開済み データに基づくCTCFの ChIP-seqトラックを表示することが可能となりました。 https://medakabase.nbrp.jp/viewer/Hd-rR/   (ページ左のメニュー下部の'04 ChIP-seq'から選択) 再現性のあるデータとして論文等で参照いただきやすいよう、すでに...

一昨日（10月20日）の夕方からgVolanteサーバ（過去に このブログでも言及 ）がダウンしております。予定していたわけではなく、ハードウェアのトラブルによるもので、復旧や代替策を講じるめどは立っていません。どうかご了承ください。 論文 筆頭著者の西村理さんの尽力や周囲の理解のもとで、稼働開始から一貫して、神戸の理研BDRの技術支援体制のもとで維持してきました。著者として、評価用参照遺伝子セットについて詳細な吟味（や CVGの導出 ）に実績のあった原雄一郎さんも加わっていました。今回、Completeness Assessmentを行うパイプラインBUSCOの頻繁なバージョンアップにどうにか追いつくための変更を控えていた矢先にこういった状況を迎えてしまいました。 gVolanteは、あると便利に違いない（とくにCEGMAはローカルで動かしにくかったなどもあり）、というちょっとした思い付きから始まったWebサーバでしたが、思いのほか多くの方に重宝していただきました。「gVolanteでしかできないこと」というのはないと思いますが、復旧への希望等

当研究室メンバーの 八尾君が国際比較内分泌学会の集会にて 、そして、 川口也和子さんが進化学会年会にて 、自身の研究プロジェクトを紹介する発表を行い、それぞれめでたく受賞しました。 工樂は次の土曜日（13日）に 新江ノ島水族館でのイベント「水族館マニアックフェス」...

当研究室では多くの場合年度あたり2件の遺伝研研究会を主催しています。NIG-JOINTの制度に基づく研究会のことです。 研究界の傾向として（テーマや分野によっては）集会過多な感じもありますので、毎年開催しているテーマはありません。他所では似た集会が開かれにくいテーマに重点を...