隔年で過去に2度開催してきた研究会を12月に開催します。 遺伝研NIG-JOINT研究会「生命科学を支える分子系統学 2026」 オーガナイザー：鈴木誉保（順天堂大・院医）、川口也和子（国立遺伝研）、工樂樹洋（国立遺伝研） 本研究集会は、2022年および2024年に開催した研究会に続くもので、分子系統学の理論・実践・ツール開発に関わる研究者が一堂に会し、生命科学における分子系統学の在り方を議論することを目的としています。分子系統学は、系統関係の解明のみならず、遺伝子・タンパク質の多様化や表現型進化の理解に不可欠な基盤技術ですが、その理論的背景や解析結果の評価方法について、生物学者が体系的に学べる機会は依然として限られています。また、近年の大規模データの普及や手法の高度化により、適切な解析手法の選択や結果解釈はますます難しくなっています。本研究会では、こうした状況を踏まえ、分子系統樹推定および系統比較法に関する最新の知見や実践的知識を共有し、分野横断的な議論を促進したいと考えております。継続的な開催を通じて、本分野における定番の研究会として発展させ

Medaka Omics News by NBRP - 2026年7月21日 ▲ 引き続き、セキュリティ強化の必要からくるサーバの整備のため、MedakaBaseを休止しております。復旧へ向けて対策を講じておりますので、ご不便をどうかお許し下さい。 ▲ メダカHd-rRのT2Tアセンブリにもとづく3’UTR補強版遺伝子モデルver.5を新たに作出し、FigShareよりダウンロードできるようにしました。 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.32962850 10X Genomicsのsc/snRNA-seqデータ解析の際に利用いただけるほか、お手元のゲノムブラウザで表示いただけます。 ▲メダカHd-rRのT2TゲノムアセンブリとHSOKおよびHNIのT2Tに準ずるアセンブリを報告した論文が出版されました。 https://doi.org/10.1101/gr.281813.125 当該データご利用の際にはこの論文を引用ください。この中で、当チームは遺伝子推定を担当しました。 ーーーー Medaka Omics

直接海へ漕ぎ出さずとも、ゲノム情報や飼育環境から得られる生体試料は、生命のしくみを理解するための確かなヒントを与えてくれます。我々の興味はいよいよあの「マンタ」にまで及び、今日もお膝元の水槽で生じたサメ胚発生のレアケースに唸っていました。これらの詳細はまたいずれ。 そんなこんなで取り上げるのが遅れましたが、ギンザメ(Teramura et al., DNA Res 2026)やニシオンデンザメ(Yang et al., PNAS 2026)のゲノム解析に続き、当研究室発のエイ2種のゲノム解析の成果を論文として発表しました。 Tracing genome size dynamics in sharks and rays with inclusive sequence analysis by the Squalomix Consortium. Genome Res. Published online: June 16, 2026 まずは論文化の背景から。先行の性染色体解析(Niwa et al., PNAS 2025)では、アカエイ Hemitryg

昨年末、「160年越しの新発見 日本で最も身近なエイ『アカエイ』が複数種であることを解明し、新種を記載」というニュースが話題になりました。今回はこれに関連して、唐突に思われるかもしれませんが、アカエイの「種判別」について少し書いておきたいと思います。 当研究室では、2021年春からアカエイ（Hemitrygon akajei）の全ゲノムシークエンスに初めて挑み、すでに2025年春にその配列を国際データベースにて公開しています。実は昨年末の板鰓類研究会シンポジウムにおいて、私自身「全ゲノムシークエンスに供した個体が本当にアカエイだったのか、あるいはアリアケアカエイ（Hemitrygon ariakensis）だったのか、確認が不十分なままである」と疑問を呈していました。このことで不安が広がり、前提が揺らいでしまっては良くないと考え、その後日談をここに記す次第です。 結論から申し上げますと、ゲノムを読み取った個体は「アカエイ」ということで問題なさそうです。上記の種判別問題を精査された長崎大学の山口先生から、アリアケアカエイと判定された個体のミトコンド

昨今の雨風に耐えたキャンパス内の桜を一般の方に楽しんでいただき、研究所の活動を紹介する恒例の 遺伝研一般公開 を無事終えました。今回はとくに講演会が新しい構成となり、さらに彩り豊かなイベントになったと感じています。所外からの講演者としてご協力いただきました元村有希子さんには感謝申し上げます。 3月は当研究室が関わる水産資源調査・評価推進事業および 学術変革領域A（題して「機動性ゲノム」） の会議において、さらに、日本生態学会や日本水産学会において、希少種や食用種を含む野外の多様な生物のゲノム配列をはじめとする生命情報の取得と活用についての成果報告や情報交換を行いました。 3月の末日、あえてこの日取りにしたのですが、高校2年～大学3年向けとして開催した ワークショップ「生命の樹」 に、14名の方にご参加いただきました。約4時間にわたり、アクティブラーニング的な内容も交えて、学術研究に限らないさまざまな社会の局面で生かしていただきたい、DNA情報にまつわるいろはを持ち帰っていただきました。 4月になり、丹伊田拓磨さんと小川佳孝さんが研究室に加わりまし

2週続けてのメダカ発信は初めてです。岡崎でのユーザーミーティングがあらゆる立場の方にとって有意義な集まりになることを願っています。当方も貴重な時間をいただいて活動紹介いたします。 なお、メダカのT2Tゲノム配列は東大の鈴木慶彦先生をはじめとする森下真一先生のグループのご尽力により読み取られ、またご厚意により論文出版前に公開されたものです。当該ゲノム情報を利用した成果の発表の際には、（MedakaBaseを介したものであってもMedakaBaseへのクレジットだけでなく）上記オリジナルなゲノム情報への、然るべき形でのクレジットをよろしくお願いいたします。 --- Medaka Omics News by NBRP - 2026年2月27日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ MedakaBaseへ、メダカHd-rR, HSOK, HNI系統の最新ゲノムアセンブリ(v3.1)を 追加しました。当チームで推定した遺伝子モデルをそれぞれ掲載し、 うちHd-rRについては、それに加えてNCBIの標準アノテーションパイプライン...

Medaka Omics News by NBRP - 2026年2月20日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動など、メダカのオミクス関連情報を お伝えしていますが、今号では、NCBIの有用情報を紹介します。 ▲ 森下真一先生（東大）のグループにより生成された改善版ゲノムアセンブリ （Hd-rR, HSOK, HNI）が昨秋にNCBIにおいて公開されました。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_053564925.1/ このうちHd-rRのアセンブリ（GCF_053564925.1, Olatipes_Hd-rR_3.1）は ギャップ（未決定塩基）を含まないいわゆるT2T（telomere-to-telomere） アセンブリです。NCBI上では、1番染色体がX染色体となっており、Y染色体に ついてはXと異なる領域に限り、unlocalized chromosomal sequences として含まれています。 ▲ 上記Hd-rRのT2Tアセンブリには、NCBIの標準アノテーショ

(QRコードが正しくリンクしていなかったため、画像を差し替えましたー2月4日) 年末に発信 しました企画について、 参加申込の受付 を開始しました。申込はどうかぜひお早めに！ 本企画は、外部からの要請によるものではなく、「重要でありながら学ぶ機会が不足している」という想いから生まれた、自発的な活動です。 ここでは、単なる教科書的な座学は行いません。生物多様性をDNAの視点で捉えるため、野外と実験室、理論と実践、いわゆるウェットとドライといった異なるアプローチを架橋する。そんな統合的なリテラシーを育てることを主眼としています。 この学びは、必ずしも研究者を目指す方だけのものではありません。将来、社会の様々な要所で活躍される皆様にとって、生命と自然についての科学的な見識が、物事を捉える確かな支えとなることを願っています。 研究所のページ でも紹介していただいております。

先日の分子生物学会フォーラムでは、往々にしてどこにも書かれていない技術情報に光をあてました。より滑らかに多様な生物でゲノムワイドな分子レベルの解析が進められることを思い描いて、Biodiversity Genomicsまわりで同じくあまり文字に記されない汎用的かつ重要なことをこれまで敢えて度々発信してきました。網羅できていないと思いますが、それらのうち主なものをまとめて紹介しておきます。中でも、とっかかりとしての敷居の低い記事としては、下記の＊印をつけたものを推しておきます。 ゲノムサイズ測定 　qPCRプロトコルsQuantGenome 　付随した論文（Kadota et al., F1000Res 2023） Hi-Cスキャフォルディング 　神戸理研時代に発信したiconHi-C（アイコニック）プロトコル・論文（Kadota et al., 2020） 　英語総説 （Yamaguchi et al., Mol Ecol 2021） 　日本語総説 (工樂ら, 2023)＊ Completeness assessment周辺情報...

下記の内容につきまして、最新情報は 2026年1月23日発信の記事 をご覧ください。 ーーーー 年内ぎりぎりに下記のアナウンスをお届けします。研究者を目指す方だけでなく、生命科学や生物多様性について造詣を深めたい高校生・大学生の方々にはぜひこの機会を活用いただきたいと思います。参加申込については2026年1月に研究所ホームページでご案内します。 ワークショップ「生命の樹～DNA情報を通して自然に触れる」 生命の多様性—愛らしい動物、美しい植物、そして私たちの食卓を彩る食材—これらもDNAという設計図によって成り立っています。また、きらめく生命科学の発見の多くは、生物種間の比較に支えられています。本企画は、分子レベルでの生物種間の比較方法と社会に求められる生命情報リテラシーを広く育成することを目的とします。生物多様性や進化を専門とする研究者が、エビデンス（DNA配列）に基づいて自然界の繋がりと生物多様性の成り立ちに迫る科学的な手法を実践的に紹介します。 日時 2026年3月31日（火） 13～17時　　　場所 国立遺伝学研究所（静岡県三島市） 対象

以前のブログ記事 でも触れましたが、来週の分子生物学会年会のフォーラム枠にて、下記の会を開催します。 和色バイオゲノムコンソーシアム の活動にちなんだ集会です。 　12月4日（木） 19時15分～20時30分 第13会場（パシフィコ横浜 会議センター 4F「418」） 　セッション番号：2F-13 　セッションタイトル：いま臨むゲノムの景色：「和」の心と匠の技 　講演言語：日本語 　 　オーガナイザー：工樂 樹洋（国立遺伝学研究所）、白澤 健太（かずさDNA研究所） 生物多様性ゲノミクスをテーマとする集まりは他にも複数企画されていますが、 4日の夜 にはぜひこちらへお越しください。 川口茜 さん、 川勝泰二 さん、 西原秀典 さんにそれぞれの得意エリアからの話題を提供いただきます。オーガナイザーも少し話します。私自身は、8月に英国Hinxtonのサンガーセンターを訪れたときに仕入れた話題を披露しようと思っています。情報や技術は溢れていますが、どう選べばよいのか、どう評価すればよいのか、というDecision-makingの足しになる手がかりを得て

Medaka Omics News by NBRP - 2025年10月23日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ ウェブサーバMedakaBase等、当方の活動産物を紹介した記事が DNA Research誌にオンライン掲載されました。 https://doi.org/10.1093/dnares/dsaf030 近縁2種のゲノム情報とUTR情報を追加した遺伝子モデルの増強版(ver.4)を 新規に報告しています。成果発表の際にMedakaBase等の情報源の裏付けが 必要な場合など引用いただけます。 （プレプリントの時点から論文タイトルが若干変更されました） ▲ MedakaBase内のゲノムブラウザで、公開済み データに基づくCTCFの ChIP-seqトラックを表示することが可能となりました。 https://medakabase.nbrp.jp/viewer/Hd-rR/ (ページ左のメニュー下部の'04 ChIP-seq'から選択) 再現性のあるデータとして論文等で参照いただきやすいよう、すでに...

一昨日（10月20日）の夕方からgVolanteサーバ（過去に このブログでも言及 ）がダウンしております。予定していたわけではなく、ハードウェアのトラブルによるもので、復旧や代替策を講じるめどは立っていません。どうかご了承ください。 論文 筆頭著者の西村理さんの尽力や周囲の理解のもとで、稼働開始から一貫して、神戸の理研BDRの技術支援体制のもとで維持してきました。著者として、評価用参照遺伝子セットについて詳細な吟味（や CVGの導出 ）に実績のあった原雄一郎さんも加わっていました。今回、Completeness Assessmentを行うパイプラインBUSCOの頻繁なバージョンアップにどうにか追いつくための変更を控えていた矢先にこういった状況を迎えてしまいました。 gVolanteは、あると便利に違いない（とくにCEGMAはローカルで動かしにくかったなどもあり）、というちょっとした思い付きから始まったWebサーバでしたが、思いのほか多くの方に重宝していただきました。「gVolanteでしかできないこと」というのはないと思いますが、復旧への希望等

当研究室メンバーの 八尾君が国際比較内分泌学会の集会にて 、そして、 川口也和子さんが進化学会年会にて 、自身の研究プロジェクトを紹介する発表を行い、それぞれめでたく受賞しました。 工樂は次の土曜日（13日）に 新江ノ島水族館でのイベント「水族館マニアックフェス」...

当研究室では多くの場合年度あたり2件の遺伝研研究会を主催しています。NIG-JOINTの制度に基づく研究会のことです。 研究界の傾向として（テーマや分野によっては）集会過多な感じもありますので、毎年開催しているテーマはありません。他所では似た集会が開かれにくいテーマに重点を...

性染色体や性決定についての研究は、正直に言って当研究室の伝統的なフォーカスではない。それでも、独自の貢献をできるのではないかと期待し進めてきた。今月後半に入り、丹羽君の学位公聴会もあって慌ただしく、オンライン出版までのタイムラインを読み違えたせいで関係の方々をお騒がせしてし...

研究室ホームページの記述など、（手が行き届いていない部分もまだありますが）更新し、現状に合わせて整えなおしました。 当研究室の活動のうち、あまり露わになっていない情報源として、ここではあえて過去の日本語記事を紹介しておきます。 当サイト Researchのページ...

毎年、当研究室がローカルオーガナイザーとなって年に2度ほど遺伝研研究会を開催してきました。ことし2025年度はすでに4月に「生物多様性のDNA情報学 2025」を開催しましたが、来る9月29・30日に「 染色体構成と核型からみるゲノムの多様性とその理解...

先日 Xでアナウンス しましたが、12月に横浜で開かれます 分子生物学会の年会 にて、 和色バイオゲノムコンソーシアム に関わるフォーラムを開催します。 12月4日（木） 19時15分～20時30分 第13会場（パシフィコ横浜 会議センター 4F「418」）...

三島駅と研究所を行き来してお帰りになるのでは勿体ない、とよく思います。観光案内サイトのようにふんだんにはご紹介しませんが、 当研究室 のある三島からすぐの沼津のみどころについて、少しだけ情報を並べておきます。三島には海岸はありませんが、沼津には、西は東田子の浦の手前から南は...