以前のブログ記事 でも触れましたが、来週の分子生物学会年会のフォーラム枠にて、下記の会を開催します。 和色バイオゲノムコンソーシアム の活動にちなんだ集会です。 　12月4日（木） 19時15分～20時30分 第13会場（パシフィコ横浜 会議センター 4F「418」） 　セッション番号：2F-13 　セッションタイトル：いま臨むゲノムの景色：「和」の心と匠の技 　講演言語：日本語 　 　オーガナイザー：工樂 樹洋（国立遺伝学研究所）、白澤 健太（かずさDNA研究所） 生物多様性ゲノミクスをテーマとする集まりは他にも複数企画されていますが、 4日の夜 にはぜひこちらへお越しください。 川口茜 さん、 川勝泰二 さん、 西原秀典 さんにそれぞれの得意エリアからの話題を提供いただきます。オーガナイザーも少し話します。私自身は、8月に英国Hinxtonのサンガーセンターを訪れたときに仕入れた話題を披露しようと思っています。情報や技術は溢れていますが、どう選べばよいのか、どう評価すればよいのか、というDecision-makingの足しになる手がかりを得て

Medaka Omics News by NBRP - 2025年10月23日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ ウェブサーバMedakaBase等、当方の活動産物を紹介した記事が DNA Research誌にオンライン掲載されました。 https://doi.org/10.1093/dnares/dsaf030 近縁2種のゲノム情報とUTR情報を追加した遺伝子モデルの増強版(ver.4)を 新規に報告しています。成果発表の際にMedakaBase等の情報源の裏付けが 必要な場合など引用いただけます。 （プレプリントの時点から論文タイトルが若干変更されました） ▲ MedakaBase内のゲノムブラウザで、公開済み データに基づくCTCFの ChIP-seqトラックを表示することが可能となりました。 https://medakabase.nbrp.jp/viewer/Hd-rR/   (ページ左のメニュー下部の'04 ChIP-seq'から選択) 再現性のあるデータとして論文等で参照いただきやすいよう、すでに...

一昨日（10月20日）の夕方からgVolanteサーバ（過去に このブログでも言及 ）がダウンしております。予定していたわけではなく、ハードウェアのトラブルによるもので、復旧や代替策を講じるめどは立っていません。どうかご了承ください。 論文 筆頭著者の西村理さんの尽力や周囲の理解のもとで、稼働開始から一貫して、神戸の理研BDRの技術支援体制のもとで維持してきました。著者として、評価用参照遺伝子セットについて詳細な吟味（や CVGの導出 ）に実績のあった原雄一郎さんも加わっていました。今回、Completeness Assessmentを行うパイプラインBUSCOの頻繁なバージョンアップにどうにか追いつくための変更を控えていた矢先にこういった状況を迎えてしまいました。 gVolanteは、あると便利に違いない（とくにCEGMAはローカルで動かしにくかったなどもあり）、というちょっとした思い付きから始まったWebサーバでしたが、思いのほか多くの方に重宝していただきました。「gVolanteでしかできないこと」というのはないと思いますが、復旧への希望等

当研究室メンバーの 八尾君が国際比較内分泌学会の集会にて 、そして、 川口也和子さんが進化学会年会にて 、自身の研究プロジェクトを紹介する発表を行い、それぞれめでたく受賞しました。 工樂は次の土曜日（13日）に 新江ノ島水族館でのイベント「水族館マニアックフェス」...

当研究室では多くの場合年度あたり2件の遺伝研研究会を主催しています。NIG-JOINTの制度に基づく研究会のことです。 研究界の傾向として（テーマや分野によっては）集会過多な感じもありますので、毎年開催しているテーマはありません。他所では似た集会が開かれにくいテーマに重点を...

性染色体や性決定についての研究は、正直に言って当研究室の伝統的なフォーカスではない。それでも、独自の貢献をできるのではないかと期待し進めてきた。今月後半に入り、丹羽君の学位公聴会もあって慌ただしく、オンライン出版までのタイムラインを読み違えたせいで関係の方々をお騒がせしてし...

研究室ホームページの記述など、（手が行き届いていない部分もまだありますが）更新し、現状に合わせて整えなおしました。 当研究室の活動のうち、あまり露わになっていない情報源として、ここではあえて過去の日本語記事を紹介しておきます。 当サイト Researchのページ...

毎年、当研究室がローカルオーガナイザーとなって年に2度ほど遺伝研研究会を開催してきました。ことし2025年度はすでに4月に「生物多様性のDNA情報学 2025」を開催しましたが、来る9月29・30日に「 染色体構成と核型からみるゲノムの多様性とその理解...

先日 Xでアナウンス しましたが、12月に横浜で開かれます 分子生物学会の年会 にて、 和色バイオゲノムコンソーシアム に関わるフォーラムを開催します。 12月4日（木） 19時15分～20時30分 第13会場（パシフィコ横浜 会議センター 4F「418」）...

三島駅と研究所を行き来してお帰りになるのでは勿体ない、とよく思います。観光案内サイトのようにふんだんにはご紹介しませんが、 当研究室 のある三島からすぐの沼津のみどころについて、少しだけ情報を並べておきます。三島には海岸はありませんが、沼津には、西は東田子の浦の手前から南は...

Medaka Omics News by NBRP - 2025年5月19日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ 長く使われてきたNBRPメダカのウェブサイト（ https://shigen.nig.ac.jp/medaka/...

あまり文字に記されないことに触れるというのがこういった媒体の存在意義かもしれません。今日はコアラボ、あるいはコアファシリティ、とも呼ばれたりする、共通基盤技術施設の運営についてです。とくにDNA情報取得や解析を扱う場合の話です。 以下、大事と思われること...

研究発表を聴いていて、途中で出てくる系統樹について物言いをしたくなるケースがあります。先日ですと、アウトグループ（外群）が非常に遠く（繋がる枝が長く）、配列1本だけ、という系統樹。結論に影響しないならよいか、と思う反面、指摘すべきかなという正義感も抹殺できない。質疑の時間に...

3月は中旬に札幌での日本生態学会、そして下旬に相模原の北里大での日本水産学会に参加しました。前者には毎回参加しているわけではありませんが、今回は日本の希少生物のゲノム情報の集積状況について紹介しました（ 発表スライド ; さらに参考、 以前の記事...

は虫類のさまざまな系統の中で、とくにカメの系統的な位置についてはさまざまな議論がありました。その議論が落ち着いたのは、DNA情報に基づく分子系統解析の結果が揃ってきた頃、2005～2010年くらいの時期であったと思います。鳥類とワニ類はあわせて主竜類と呼ばれますが、これとカ...

自分たちでやる必要がなくなったということではありません。自分が、あるいは、他の研究者がNCBIへ登録しリリースされたゲノムアセンブリに付随した遺伝子アノテーションがついていない場合、NCBIへリクエストすることができます。ただし、多様性の高い（動物の場合、血球以外の組織が望...

当研究室が三島でスタートし、はや四年。研究所の一般公開イベントが今年は4月5日(土)に催されます。私の研究室も、スペースを頂いての展示を初めて行います。研究所のシンボルである桜の時期ということで、研究機関としては珍しい春の開催です。とはいえ、遺伝研としては恒例のイベントです...

分子系統学的観点から、進化上失われやすい遺伝子をelusive genesと呼んでいます。複数の独立の系統でオーソログがゲノムから欠失している遺伝子のことです。最初は 爬虫類ソメワケササクレヤモリのゲノム解析（Hara et al., BMC Biol 2018）...

つい先日晴れて採択通知を受け取った、来年度始まる研究課題に付随した ポスドクを募集 し始めました。下記にも貼り付けておきます。 博士号が必須とは考えておらず（業務遂行の自律性や待遇は相応に変わってきますが）技術補佐員としての募集も同時に行っています。どちらかを1名採用の予定...

来週遺伝研では 大学院説明会 が予定されています。今回は工樂があいにく当日三島に不在のため当研究室はエントリしていませんが、大学院生やポスドクとしての加入についての相談はいつも受け付けています。工樂にメールいただけましたら、オンラインでの相談あるいは対面ご訪問の機会を設けま...