爬虫類での実験にヤモリ
- Shigehiro Kuraku
- 16 時間前
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当研究室では、（前身の神戸理研・分子配列比較解析チームの時代から）おもに脊椎動物のゲノム進化の変遷を推定するため、偏りのない比較を実現すべく大規模配列データが乏しい生物での新規情報取得にも（ラボ内で活動していたいわゆるNGSコア施設の技術的ノウハウを鍛え、そして駆使しながら）力を入れてきました。唐突ですが、ここで、爬虫類ソメワケササクレヤモリのゲノム関係の情報をまとめておきます。
紹介記事
（2018年4月、下記ゲノムアセンブリ初版に付随した論文出版に際して）
・雑誌『実験医学』に記事「オミクス解析にも応える実験動物ソメワケササクレヤモリ」
（2018年6月、 連載「私の実験動物、やっぱり個性派です！」の一部として）
（2015年11月、下記トランスクリプトーム解析出版に伴い発出）
（2023年、理研BDR清成チームからのゲノム編集技術の成果発表に伴う記事）
ゲノムアセンブリ (経緯をSqualomixコンソーシアムに関連したページに記載)
最新版 Ppicta_v3.0 (NCBI BipProject ID: GCF_049243985.1; released April, 2025)
PacBioのHiFiロングリード、iconHi-CプロトコルおよびBioNanoのSaphyrによるオプティカルマッピングデータに基づいたchromosome-scale scaffolds
論文
Yamaguchi, K., Kadota, M., Nishimura, O., Ohishi, Y., Naito, Y., & Kuraku, S. (2021)
Molecular Ecology, 30, 5923–5934.
旧版 Ppicta_v2.0 (released Sep 2021)
10X Genomics Chromium Linked-ReadとiconHi-Cプロトコルに基づいたchromosome-scale scaffolds
初版
イルミナショートリードゲノムシークエンスおよびiMateプロトコルに基づいたscaffolds
論文
Hara Y, Takeuchi M, Kageyama Y, Tatsumi K, Hibi M, Kiyonari H, Kuraku S.
BMC Biol. 2018. 16:40.
ゲノム編集用gRNAデザインツールCRISPRdirectからも利用可能。ただし最新版v3.0アセンブリについては現在準備中。
トランスクリプトーム（他所での取得データも含めた一覧はこちら）
イルミナショートリードによるRNA-seqリードのアセンブリ
論文
Hara, Y., Tatsumi, K., Yoshida, M., Kajikawa, E., Kiyonari, H., Kuraku, S.
BMC Genomics 16, 977 (2015)
上記の論文では、ゲノム配列やトランスクリプトーム配列の網羅性を評価するいわゆるCompleteness assessmentのために独自に提案した脊椎動物ワイドな遺伝子セット（CVG）や、ショートリードシークエンスの際のライブラリのインサート長の吟味についても触れています。
上記いずれのリソースも実験技術と情報解析にこだわりのあるメンバーの尽力のおかげで可能になったものです。ちなみに、生体を利用される方は、いわゆるABSにも注意を払われるようにお薦めします。
