読んで繋ぎ、測る

先日の分子生物学会フォーラムでは、往々にしてどこにも書かれていない技術情報に光をあてました。より滑らかに多様な生物でゲノムワイドな分子レベルの解析が進められることを思い描いて、Biodiversity Genomicsまわりで同じくあまり文字に記されない汎用的かつ重要なことをこれまで敢えて度々発信してきました。網羅できていないと思いますが、それらのうち主なものをまとめて紹介しておきます。中でも、とっかかりとしての敷居の低い記事としては、下記の＊印をつけたものを推しておきます。

ゲノムサイズ測定

　qPCRプロトコルsQuantGenome 　付随した論文（Kadota et al., F1000Res 2023）

Hi-Cスキャフォルディング

　神戸理研時代に発信したiconHi-C（アイコニック）プロトコル・論文（Kadota et al., 2020）

　英語総説 （Yamaguchi et al., Mol Ecol 2021）

　日本語総説 (工樂ら, 2023)＊

Completeness assessment周辺情報

　なぜヒトT2Tでも100％にならないのか？(Yamaguchi et al., Mol Ecol 2023)

　BUSCOと前身のCEGMAについて（山口＆工樂, 2020）

シングルセル解析に向けた技術情報

　UTRを強化した遺伝子モデルの重要性　メダカでの実施例　フェレットでの実施例

ショートリードシークエンス

　ライブラリインサート長の調節（Hara et al., 2015）　

分子系統樹推定

　樹形空間の探索　山口＆工樂, 2019