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読んで繋ぎ、測る
先日の分子生物学会フォーラムでは、往々にしてどこにも書かれていない技術情報に光をあてました。より滑らかに多様な生物でゲノムワイドな分子レベルの解析が進められることを思い描いて、Biodiversity Genomicsまわりで同じくあまり文字に記されない汎用的かつ重要なことをこれまで敢えて度々発信してきました。網羅できていないと思いますが、それらのうち主なものをまとめて紹介しておきます。中でも、とっかかりとしての敷居の低い記事としては、下記の*印をつけたものを推しておきます。 ゲノムサイズ測定 qPCRプロトコルsQuantGenome 付随した論文(Kadota et al., F1000Res 2023) Hi-Cスキャフォルディング 神戸理研時代に発信したiconHi-C(アイコニック)プロトコル・論文(Kadota et al., 2020) 英語総説 (Yamaguchi et al., Mol Ecol 2021) 日本語総説 (工樂ら, 2023)* Completeness assessment周辺情報...
Shigehiro Kuraku
2025年12月27日


コアラボ運営を考える
あまり文字に記されないことに触れるというのがこういった媒体の存在意義かもしれません。今日はコアラボ、あるいはコアファシリティ、とも呼ばれたりする、共通基盤技術施設の運営についてです。とくにDNA情報取得や解析を扱う場合の話です。 以下、大事と思われること ・実験系人材と情報系人材の混ぜ合わせ。両方扱う人材の育成。解析相談を受ける際、スタートマテリアル(DNA、RNA、クロマチン)の受入れからすり合わせする場合でも、情報系スタッフが同席するのがよいかもしれない。 ・技術を牽引してきた欧米のコアラボの運営体制やシークエンサベンダーなどとの関わり方をよく知り、とくに現場を訪問し、切り盛りしている人物との継続的なパイプを作る。 ・新製品などの情報がお披露目される場面(国内ではなく本国)は毎年ほぼ決まっている。できるだけ早めに察知し、国内販売元との確認を経て、先の判断に活用する(既存試薬の在庫量調製や新製品試用のプランニング)。それをタイムリーに求めるユーザーの発掘。 ・従事スタッフのインセンティブ管理。雇用形態の改善に反映するのか?論文などの成果物の生産
Shigehiro Kuraku
2025年5月13日


Omics装置世界情勢
技術部門のマネジメントの役割から離れて1年以上経ち、あまりフォローできていないのですが、 NGSスペシャリストを名乗っているAlbert Viellaさん が各社の装置についてスペックやランニングコストをまとめられています。...
Shigehiro Kuraku
2024年5月7日
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