昨年の幼魚水族館１周年記念のときに聴講させていただいた幼魚サミット、第2回となる今回は話題提供の出番をいただけるということで、種判別の難しい幼魚であってもDNA情報を使えばどの種か分かる、という実例をご紹介することにしました。...

三島にあるこの遺伝研へ訪問される方へのちょっとしたご案内です。交通の便は事前に把握していないとなかなかスムーズではないかもしれません。ですが、少しの情報が役に立つかもしれないと思ってのお伝えです。 ・隣の清水町にあるサントムーン柿田川というショッピングセンターに、幼魚水族館...

ゲノムやトランスクリプトームの配列セットの網羅性・完全性を評価するためのツールとして、 BUSCO というツールが普及しています。英語のような発音で「バスコ」と呼ぶ人がそれなりに多くいますが、開発者やその周囲の人たちは「ブスコ」と呼んでいることをお伝えしておきます。...

技術部門のマネジメントの役割から離れて1年以上経ち、あまりフォローできていないのですが、NGSスペシャリストを名乗っているAlbert Viellaさんが各社の装置についてスペックやランニングコストをまとめられています。...

長らくサボっていたのですが、英語でも発信しています。 まずは英語のトップページに表れるブログ話題がすべて最近のもので占められるように頑張ります。

桜が咲くだいぶ前の頃のことですが、お誘いをいただき、たまたま近くに居合わせたので、スイス総領事の開いた交流会に参加してきました。久しぶりにラクレットをいただくなど、楽しみました。ドイツ領事館関係のイベントには何度か出たことがありましたが、スイス関係では初めてでした。...

7月23・24日に「生命科学を支える分子系統学 2024」という研究集会を遺伝研で開催することになりました。12月に予定している別のテーマの研究会とともに、研究所のトップページからリンクされている研究会（Meetings）のページにリストされています。...

以前ここで「あくまでも出発点」として取り上げた、サンマの論文が出版されました。 Chromosomal DNA sequences of the Pacific saury genome: versatile resources for fishery science...

どういったテーマを掲げて研究を進めているかという話題に触れておくことにします。すでに色々なところに書いたつもりになっていたせいか、わざわざ立ち返ってこのブログで話に出すことがなかったと思います。 本研究室では、ゲノムDNA配列情報を分子系統学的観点から解析するとともに、ゲノ...

非常勤講師としての学部向け実習などに多用しているaLeaves～MAFFTについて（このブログでも以前紹介）、使い方をまとめたスライドを新たにFigshareでも公開しましたので、このブログで紹介しておきます。 開発から10年以上経過しましたが、類似した機能を持つツールはほ...

「遺伝学講座・みしま」が1月13日（土）に開かれました。私自身も1年前に講演をさせていただいた、三島市と遺伝研ゆかりの遺伝学普及会の連携イベントです。 遺伝研の研究者による2つの講演のあいだに、今回はポスターセッションが催されました。地元ゆかりの方々が、さまざまな発表をされ...

2023年に発表した研究についての日本語での紹介記事の一覧です。 ジンベエザメだけに起きた視覚の進化 ～深海生活への適応か？～ （国立遺伝研、大阪公立大学、沖縄美ら海水族館） 卵で増えない胎生のサメも卵黄遺伝子を持つ －「ラブカ」など12種のサメ・エイ類の比較解析で発見－...

当研究室が分担機関として関わっているメダカのNBRPについての最新情報です。 Medaka Omics News by NBRP - 2023年12月4日 メダカNBRP 生命情報チームによる活動をお伝えします。 ▲ ウェブサーバMedakaBaseのマニュアルを作成しまし...

（2024年2月15日に下線部を追記） いうまでもないですが、研究所は研究をするところであり、大学で研究するのと大きく異なっているはずです。特色は 遺伝研全体として大学院を紹介するサイト にまとめられています。一過的な風潮に流されず、また単に組織を回すためだけの活動に囚われ...

「解読」などと大それた言い方は敢えてしません、大事なのはここからですので。今秋も話題のサンマ Cololabis saira について、まずはゲノム全体を読み取って分子レベルの様々な研究が色々な方面からスムーズに始められるように、ということで、DNA配列情報を取得しました。...

来る12月に神戸で開催される 分子生物学会年会 にて、Late-breaking Abstract (LBA)のポスター発表といいうかたちで、 Squalomixコンソーシアム の活動を報告します。 ポスター番号：3P-053　発表日時：12月8日（金）13：45～14：4...

当研究室では、種が変わっても活かせるゲノム情報解析と公開のノウハウを生かして、さまざまな生物の研究に参加しています。メダカNBRPへの情報公開についての活動もそのひとつです。小型魚類研究MLから発信したニュースのバックナンバーを辿ることができるよう、ここに記録しておきます。...

シングルセル遺伝子発現解析のための簡便なシステムが登場してすでにもう久しく、かなり普及したといってよいのではないでしょうか。しかし、簡便になった分、システムの「クセ」に気を留めずに始める方も少なくないような気がします。ラフですが、「クセ」とその対応の仕方について下に簡単に記...

先日、高校の生物の教師の方々が全国から集まる日本生物教育会（JABE）第77回全国大会にて研修を担当し、分子系統樹推定を助けるツールaLeavesを紹介するとともに、授業への取り込み方のアイデアについて参加者の方々と意見交換をさせていただきました。最新の教科書では、遺伝子や...

（リリース後に誤字訂正などのため更新） 先日、和色（Washoku）バイオゲノムコンソーシアムについて少し書きました。その活動のモチベーションのひとつである、日本で対策が必要と考えられる希少生物の全ゲノム情報に関して、現在どの生物種で整備がどのくらい進んでいるかを一覧表示し...