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読んで繋ぎ、測る
先日の分子生物学会フォーラムでは、往々にしてどこにも書かれていない技術情報に光をあてました。より滑らかに多様な生物でゲノムワイドな分子レベルの解析が進められることを思い描いて、Biodiversity Genomicsまわりで同じくあまり文字に記されない汎用的かつ重要なことをこれまで敢えて度々発信してきました。網羅できていないと思いますが、それらのうち主なものをまとめて紹介しておきます。中でも、とっかかりとしての敷居の低い記事としては、下記の*印をつけたものを推しておきます。 ゲノムサイズ測定 qPCRプロトコルsQuantGenome 付随した論文(Kadota et al., F1000Res 2023) Hi-Cスキャフォルディング 神戸理研時代に発信したiconHi-C(アイコニック)プロトコル・論文(Kadota et al., 2020) 英語総説 (Yamaguchi et al., Mol Ecol 2021) 日本語総説 (工樂ら, 2023)* Completeness assessment周辺情報...
Shigehiro Kuraku
2025年12月27日


サンマ論文出版
以前ここで「あくまでも出発点」として取り上げた、サンマの論文が出版されました。 Chromosomal DNA sequences of the Pacific saury genome: versatile resources for fishery science...
Shigehiro Kuraku
2024年3月31日


サンマのゲノム情報
「解読」などと大それた言い方は敢えてしません、大事なのはここからですので。今秋も話題のサンマ Cololabis saira について、まずはゲノム全体を読み取って分子レベルの様々な研究が色々な方面からスムーズに始められるように、ということで、DNA配列情報を取得しました。...
Shigehiro Kuraku
2023年10月23日


Jxivに技術的総説
ゲノムサイズ測定とHi-Cスキャフォルディングを主眼にした 技術的な記事 を、神戸のラボのメンバーと執筆し、投稿準備中の原稿をJSTが運営しているプレプリントサーバJxivにて公開しました。 この記事の中で、生細胞を必要としないゲノムサイズ測定のためのプロトコルを紹介してい...
Shigehiro Kuraku
2023年2月8日
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