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  • 執筆者の写真Shigehiro Kuraku

aLeaves~MAFFTの使い方

非常勤講師としての学部向け実習などに多用しているaLeaves~MAFFTについて(このブログでも以前紹介)、使い方をまとめたスライドを新たにFigshareでも公開しましたので、このブログで紹介しておきます。


開発から10年以上経過しましたが、類似した機能を持つツールはほかに出てきていないのではないかと思います。大阪大学の加藤和貴博士と共同開発したツールです。下記にスライドのひとつを貼り付けておきます。すぐには使い慣れないかもしれませんが、慣れると便利だと思います。


すべてウェブブラウザ上で実施できるこのツールを用いた分子系統樹推定の流れは、備え付けのコンピュータへの事前仕込みなどなしに実現できる配列解析タスクとして、非常勤講師としての実習機会にとても重宝しています。さらに、いくつかの大学の学部実習でご利用いただいていると聞いています。

ただし、このツール上で論文発表レベルの解析結果が得られるわけではありません。このツール上で配列セットを固めたあとに、配列セットをダウンロードして、分子系統樹の推定のための本格的な計算を他所で行っていただく必要があります。



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