研究発表を聴いていて、途中で出てくる系統樹について物言いをしたくなるケースがあります。先日ですと、アウトグループ（外群）が非常に遠く（繋がる枝が長く）、配列1本だけ、という系統樹。結論に影響しないならよいか、と思う反面、指摘すべきかなという正義感も抹殺できない。質疑の時間に...

は虫類のさまざまな系統の中で、とくにカメの系統的な位置についてはさまざまな議論がありました。その議論が落ち着いたのは、DNA情報に基づく分子系統解析の結果が揃ってきた頃、2005～2010年くらいの時期であったと思います。鳥類とワニ類はあわせて主竜類と呼ばれますが、これとカ...

非常勤講師としての学部向け実習などに多用しているaLeaves～MAFFTについて（このブログでも以前紹介）、使い方をまとめたスライドを新たにFigshareでも公開しましたので、このブログで紹介しておきます。 開発から10年以上経過しましたが、類似した機能を持つツールはほ...

先の投稿 でお知らせしておりました 8月3日・4日開催予定の研究会 の内容が定まってきました。 遺伝研内で対面開催の予定です。所外からの参加ご希望は こちら から受け付けております。 ここに、講演予定者と予定講演タイトルを発表いたします（今後随時更新）。 井上...

先日主催しました遺伝研研究会「生物多様性のDNA情報学 2022」には160名以上の方に参加ご登録いただき、また、当日のZoomウェビナーでも常時100名くらいの方に視聴いただきました。運営にご協力いただきました方々にはあたらめて感謝申し上げます。...

日本発のアラインメントプログラムMAFFTの最初の論文から、今年でちょうど20年です。阪大・微生物研究所の加藤和貴博士が中心となって開発そして改良されてきました。 私は、神戸理研時代の初期に、aLeaves（エイリーヴズ）というツールをつくりました。データベース横断的に動物...

'treethinkers'この研究室ホームページのドメイン名です。複数形のようになっていますが、もちろんこんな単語はありません。このサイトを準備する際、ダイレクトに自分の苗字や研究所名を入れるのはどうかと思い、'tree-thinking'などでドメイン登録しようとしてみ...